Het Kraakhuis ondergaat een paar ingrijpende akoestische aanpassingen en er worden inschuifbare tribunes geinstalleerd.  Zo wordt deze zaal een droomplek voor intieme en akoestische concerten.

De grote verbouwingen worden afgerond met drie nieuwe zalen: het Kraakhuis, de Bibliotheek en het Auditorium. Elk bieden ze dankzij hun eigen karakter, plaats voor een veelheid aan muziekgenres.

De Bijloke wordt grondig gerestaureerd en gemoderniseerd met veel respect voor het monument. In de concertzaal wordt een moderne infrastructuur ingepast als een gigantisch meubel, dat ten allen tijde weer verwijderd kan worden. De middeleeuwse en 19de-eeuwse vleugels worden aan elkaar gelinkt met een moderne aanbouw, die naast de bistro o.a. een aantal foyers en artiestenloges herbergt.

De duiven worden verjaagd uit de in onbruik geraakte ziekenzaal om ze in gebruik te nemen als concertzaal. In 1999 ziet "Stedelijke Concertzaal De Bijloke" het levenslicht.

Historici zijn het oneens over het Craekhuys, dat in het begin van de 16de eeuw gebouwd werd als kleine ziekenzaal, naast de grote uit de 13de eeuw. De Oud-Nederlandse term "craecken" betekent ernstig ziek zijn of sterven, en zou naar een moratorium verwijzen. Anderen denken aan het Duitse 'Krankenhaus', zij zien het als een aparte zaal voor de rijkere burgers van Gent.

In 1817 gaat de Gentse universiteit open. Het Bijlokecomplex wordt gevoelig uitgebreid met Adolphe Pauli als architect, in functie van de opleiding geneeskunde. Naast de ziekenzaal verrijst een nieuwe vleugel, dat het Anatomisch Instituut en een auditorium zal herbergen.

Tijdens de Franse revolutie wordt de Bijloke een burgerhospitaal. De Cisterciënzers laten het bestuur over, maar blijven wel werkzaam in het ziekenhuis tot de 20e eeuw.

Oprichting van het Bijlokehospitaal. Het Mariahospitaal van de Cisterciënzerzusters verhuist van de buurt van de Sint-Michielskerk naar de Bijlokemeersen.