In 1999 zag De Bijloke, onder de toenmalige naam ‘Stedelijke Concertzaal De Bijloke’ het levenslicht. Sindsdien is er veel veranderd en dit niet enkel op architecturaal vlak. Met de naamsverandering in ‘Muziekcentrum De Bijloke’ en de groei van het gebouw, groeide ook de ambitie om niet enkel concertzaal, maar een echt centrum voor muziek te zijn.
De voorbije jaren werd De Bijloke grondig gerestaureerd. De omvorming tot moderne concertzaal gebeurde met zo groot mogelijk respect voor dit monument van wereldklasse. De complete concertinfrastructuur, het podium, de stoelenrijen en het balkon in de concertzaal werden nergens in het middeleeuwse gebouw verankerd: alles staat in de zaal als een gigantisch ‘meubel’, dat er te allen tijde weer kan uitgenomen worden.
In 2007 werd de verbouwing definitief afgerond. De Bijloke beschikt sindsdien over een groot foyer voor publiek en artiesten, moderne artiestenloges, repetitieruimtes en nieuwe kantoren voor de administratie. In 2007 en 2008 werden ook drie prachtige nieuw-gerestaureerde concertzalen in gebruik genomen: het Kraakhuis, de Bibliotheek en het Auditorium. Elk bieden ze, dankzij hun eigen karakter, plaats voor een veelheid aan muziekgenres. In 2011 wordt de meest recente fase van de verbouwingswerken afgerond in met een aantal ingrijpende akoestische aanpassingen en inschuifbare tribunes in het Kraakhuis.
Het Muziekcentrum begeeft zich regelmatig in de stad op zoek naar boeiende plekken die een ontdekking kunnen zijn voor de musici en het publiek. De onlangs heringerichte en gerestaureerde concertzaal Miry van Hogeschool Gent Conservatorium heeft een uitmuntende akoestiek voor kamermuziek en is intussen uitgegroeid tot een vaste waarde in de programmatie. Sinds 2009 verzorgt De Bijloke een programma in de historische refter van de Sint-Baafsabdij tijdens de Gentse Feesten. Vanaf 2012 gaat het Muziekcentrum ook op bezoek bij de buren van het STAM – Stadsmuseum Gent, voor een serie concerten op zondagmiddag in hun 14e-eeuwse refter.